必备指南：蛋白表达系统的选择策略

先明确核心：蛋白特性决定系统

选系统前，先搞懂目标蛋白的 “基本信息”，这是关键前提。你可以通过查阅文献、Uniprot 数据库，或用 ProtParam、AlphaFold 等工具，获取这些关键信息：

天然定位：是细胞内蛋白、分泌蛋白还是膜蛋白？

结构特征：分子量大小、单 / 多结构域、二硫键数量；

修饰需求：是否需要糖基化等翻译后修饰；

稳定性：是否需与其他亚基共表达才能稳定。

4步决策法：从 “候选” 到 “最优”

图1 蛋白表达系统选择决策方案

第1步：按蛋白来源初步筛选

原核蛋白：优先选大肠杆菌！它操作简单、成本低、速度快，大部分原核蛋白都能搞定，是实验室 “老朋友”。

真核蛋白：需进一步判断蛋白的修饰和结构需求，不能直接套用原核系统。

第2步：根据蛋白关键特征缩小范围

这一步要重点关注 3 个核心指标，决定是否能继续用大肠杆菌，还是必须转向真核系统：

二硫键数量：≤3 个，且无需翻译后修饰，可尝试大肠杆菌（需选能促进细胞质二硫键形成的菌株，或分泌到周质空间）；＞4 个，直接排除原核，选真核。

2   分子量：单蛋白 / 复合物≤100kDa，大肠杆菌有机会成功；＞100kDa，真核系统（酵母、昆虫、哺乳动物细胞）更靠谱。

膜蛋白复杂度：小型整合膜蛋白可试大肠杆菌；复杂膜蛋白（如 G 蛋白偶联受体、离子通道），直接选昆虫细胞或哺乳动物细胞，这两类系统能更好支持膜蛋白折叠与功能维持。

第3步：真核系统内部 “细选”，看糖基化需求

若确定用真核系统，糖基化类型是核心区分点：

酵母系统（如毕赤酵母）：适合不需要复杂糖基化的场景。它能高密度发酵，产量高，还能分泌蛋白，无脂多糖污染，常用于生产细胞因子（如 IL-3）、抗体衍生物（纳米抗体、双特异性抗体），成本比哺乳动物细胞低不少。

昆虫细胞系统（杆状病毒介导为主）：擅长生产膜蛋白、多亚基复合物和病毒样颗粒（VLPs）。它能进行低甘露糖型糖基化，若需接近哺乳动物的糖基化，可通过共表达相关酶改造。另外，昆虫细胞瞬时表达（TGE）一周内可出结果，适合快速验证。

哺乳动物细胞系统（HEK293、CHO 细胞为主）：能提供最贴近天然的翻译后修饰（尤其是复杂型 N - 聚糖），是药用蛋白、需要功能性修饰的真核蛋白第一选择。HEK293 细胞转染效率高，适合研究用；CHO 细胞稳定性好，常用于工业大规模生产。

第4步：结合生产需求定最终方案

短期少量需求（如快速验证实验）：选瞬时表达系统，比如昆虫细胞 TGE、哺乳动物细胞 TGE，无需构建稳定细胞系，一周内即可获得蛋白。

长期大量生产（如后续实验持续用）：建议投入时间构建稳定细胞系（哺乳动物系统）或杆状病毒系统（昆虫细胞），虽然前期耗时，但后续产量稳定，长期成本更低

特殊情况：这些 “小众” 系统也有用

如果遇到常规系统搞不定的情况，也可以考虑这些选项：

无细胞表达系统：适合有毒蛋白、膜蛋白，或只需微克级蛋白的场景，能灵活添加配体、稳定剂，但操作需专业培训，成本较高。

植物 / 特殊细菌系统：如乳酸乳球菌、枯草芽孢杆菌，适合特定研究需求，建议先咨询领域专家再尝试

基因表达系统的关键特征和评分

该指南比较了基因表达系统的最常用的关键特征，包括：

易用性：使用特定基因表达系统所需的经验/培训程度。

速度：从质粒DNA/表达构建到蛋白表达出来所需的时间。

蛋白质生产能力：细胞内平均蛋白生产能力（mg/L）。

蛋白质分泌：每升培养物中分泌型蛋白质的平均生产能力范围。

蛋白质折叠和组装：产生功能性和正确折叠蛋白质的能力。

成本效率：生产单位产量的蛋白所消耗的成本。

每个特征的评分标准基于正面的表现来进行，即更高的分数对应于更有益的产出。

图2 与主要蛋白表达系统相关的特征的雷达图

最后划重点

没有表达系统，关键是让目标蛋白特性、生产需求、计划的下游应用与系统优势匹配，也应该考虑拥有的专业技术和设备的可获得性。收藏这份策略，下次选系统不用再纠结啦！

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